|
|
Epigenetická regulace genů pro HLA II. třídy ve vztahu ke stárnutí organismu
Říhová, Adéla ; Kotrbová - Kozak, Anna Katarzyna (vedoucí práce) ; Slavčev, Antonij (oponent)
Úvod: Glykoproteiny hlavního histokompatibilního sytému (MHC) jsou nezastupitelnými spoluúčastníky regulace imunitní odpovědi a udržování imunitní homeostázy. Regulace jejich exprese hraje důležitou roli v adaptivní imunitní odpovědi. V poslední době je velmi zkoumaným mechanismem této regulace metylace DNA v regulačních oblastech, které jsou klíčové pro dostupnost DNA transkripčním faktorům. Stárnutí organismů je mimo jiné spojováno se změnami v metylaci DNA. Zvýšená predispozice k imunosenescenci ve stáří by mohla být následkem právě změn v metylačním stavu regulačních oblastí genů MHC II. třídy. Cíle: Cílem této práce je analýza metylačního stavu regulační oblasti genu DQB1 a porovnání rozdílu mezi generacemi a jednotlivými alelami. Dále je porovnána úroveň exprese mRNA genu DQB1 mezi generacemi a mezi jednotlivými alelami. Metody: Z krve dárců tří různých věkových skupin byly izolovány DNA a RNA. DNA byla genotypizována a modifikována bisulfitovou konverzí. Dále byly amplifikovány regulační oblasti genů DQB1 a byly klonovány do bakterií. Pozitivní klony byly selektovány a podrobeny metylační analýze. RNA byla přepsána do cDNA pomocí reverzní transkripce a její relativní úroveň exprese byla určena pomocí kvantitativní PCR. Výsledky: Mezigenerační analýza intronu 1 ukázala statisticky významný...
|
|
|
Epigenetic regulation of DQB1 gene in patients with type 1 diabetes mellitus
Gécová, Dominika ; Kotrbová - Kozak, Anna Katarzyna (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
Úvod: Diabetes mellitus 1. typu je multifaktoriálne autoimunitné ochorenie spôsobené postupnou deštrukciou beta buniek Langerhansových ostrovčekov pankreasu. Z genetického hľadiska tvoria podstatnú časť predispozície (40 - 50%) gény HLA II. triedy, ktorých molekuly prezentujú exogénne peptidy CD4+ T lymfocytom. Faktory prostredia hrajú taktiež dôležitú úlohu v etiopatogenéze T1DM. Jedným zo spôsobov komunikácie prostredia s genotypom je epigenetická regulácia vo forme metylácie DNA. Stupeň metylácie v regulačných oblastiach týchto génov môže výrazne ovplyvňovať úroveň expresie. Cieľ: Cieľom diplomovej práce bolo určiť metylačný stav jednotlivých alel HLA-DQB1 u pacientov s diabetes mellitus 1. typu a stanoviť ich expresiu. Metódy: Pacientom bol určený genotyp HLA II. triedy (HLA-DRB1, HLA-DQA1, HLA-DQB1) pomocou sekvenčne špecifických primerov. DNA bola ošetrená bisulfitom a amplifikovaná regulačná oblasť génu HLA-DQB1 a zaklonovaná do baktérií E.coli DH5α/XL1-Blue. Po overení boli pozitívne klony zaslané na sekvenáciu a výsledky podrobené analýze. RNA bola prepísaná do cDNA pomocou reverznej transkripcie a úroveň expresie bola určená pomocou kvantitatívnej PCR. Výsledky: Štatisticky významné rozdiely boli nájdené v celkovej metylácii alel DQB1*0201 a *0302 v úseku B. V jednotlivých metylačných...
|
|
|
Epigenetická regulace genů pro HLA II. třídy ve vztahu ke stárnutí organismu
Říhová, Adéla ; Kotrbová - Kozak, Anna Katarzyna (vedoucí práce) ; Slavčev, Antonij (oponent)
Úvod: Glykoproteiny hlavního histokompatibilního sytému (MHC) jsou nezastupitelnými spoluúčastníky regulace imunitní odpovědi a udržování imunitní homeostázy. Regulace jejich exprese hraje důležitou roli v adaptivní imunitní odpovědi. V poslední době je velmi zkoumaným mechanismem této regulace metylace DNA v regulačních oblastech, které jsou klíčové pro dostupnost DNA transkripčním faktorům. Stárnutí organismů je mimo jiné spojováno se změnami v metylaci DNA. Zvýšená predispozice k imunosenescenci ve stáří by mohla být následkem právě změn v metylačním stavu regulačních oblastí genů MHC II. třídy. Cíle: Cílem této práce je analýza metylačního stavu regulační oblasti genu DQB1 a porovnání rozdílu mezi generacemi a jednotlivými alelami. Dále je porovnána úroveň exprese mRNA genu DQB1 mezi generacemi a mezi jednotlivými alelami. Metody: Z krve dárců tří různých věkových skupin byly izolovány DNA a RNA. DNA byla genotypizována a modifikována bisulfitovou konverzí. Dále byly amplifikovány regulační oblasti genů DQB1 a byly klonovány do bakterií. Pozitivní klony byly selektovány a podrobeny metylační analýze. RNA byla přepsána do cDNA pomocí reverzní transkripce a její relativní úroveň exprese byla určena pomocí kvantitativní PCR. Výsledky: Mezigenerační analýza intronu 1 ukázala statisticky významný...
|
|
|
Epigenetic regulation of DQB1 gene in patients with type 1 diabetes mellitus
Gécová, Dominika ; Kotrbová - Kozak, Anna Katarzyna (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
Úvod: Diabetes mellitus 1. typu je multifaktoriálne autoimunitné ochorenie spôsobené postupnou deštrukciou beta buniek Langerhansových ostrovčekov pankreasu. Z genetického hľadiska tvoria podstatnú časť predispozície (40 - 50%) gény HLA II. triedy, ktorých molekuly prezentujú exogénne peptidy CD4+ T lymfocytom. Faktory prostredia hrajú taktiež dôležitú úlohu v etiopatogenéze T1DM. Jedným zo spôsobov komunikácie prostredia s genotypom je epigenetická regulácia vo forme metylácie DNA. Stupeň metylácie v regulačných oblastiach týchto génov môže výrazne ovplyvňovať úroveň expresie. Cieľ: Cieľom diplomovej práce bolo určiť metylačný stav jednotlivých alel HLA-DQB1 u pacientov s diabetes mellitus 1. typu a stanoviť ich expresiu. Metódy: Pacientom bol určený genotyp HLA II. triedy (HLA-DRB1, HLA-DQA1, HLA-DQB1) pomocou sekvenčne špecifických primerov. DNA bola ošetrená bisulfitom a amplifikovaná regulačná oblasť génu HLA-DQB1 a zaklonovaná do baktérií E.coli DH5α/XL1-Blue. Po overení boli pozitívne klony zaslané na sekvenáciu a výsledky podrobené analýze. RNA bola prepísaná do cDNA pomocou reverznej transkripcie a úroveň expresie bola určená pomocou kvantitatívnej PCR. Výsledky: Štatisticky významné rozdiely boli nájdené v celkovej metylácii alel DQB1*0201 a *0302 v úseku B. V jednotlivých metylačných...
|
|
|
Epigenetická regulace genů HLA II. třídy a její modifikace během života
Lamborová, Věra ; Kotrbová - Kozak, Anna Katarzyna (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Úvod: Molekuly hlavního histokompatibilního komplexu (MHC) hrají důležitou úlohu v regulaci imunitní odpovědi a udržování imunitní homeostázy. Regulace jejich exprese je proto klíčovým faktorem ovlivňujícím adaptivní imunitní odpověď. Jedním z mechanismů této regulace je methylace DNA v promotorových oblastech, která ovlivňuje dostupnost DNA pro transkripční faktory. Stárnutí organismu je spojeno se změnami v methylaci DNA a zvýšená predispozice k rozvoji autoimunitních onemocnění ve stáří by proto mohla být spojena právě se změnami v methylačním stavu regulačních oblastí genů MHC II. třídy. Cíle: Cílem této práce je analýza methylačního stavu regulačních oblastí genů DQA1 a DQB1 a porovnání rozdílů mezi generacemi a jednotlivými alelami. Dále je porovnána úroveň exprese mRNA genu DQA1 mezi generacemi a mezi jednotlivými alelami. Metody: Z krve odebrané dárcům ze tří různých věkových skupin byly izolovány DNA a RNA. DNA byla modifikována bisulfitovou konverzí, dále byly amplifikovány regulační oblasti genů DQA1 a DQB1 a tyto úseky byly klonovány do bakterií. Pozitivní klony byly sekvenovány a podrobeny methylační analýze. RNA byla pomocí reverzní transkripce přepsána do cDNA a relativní úroveň její exprese byla poté určena pomocí kvantitativní PCR. Výsledky: Statisticky významný rozdíl v...
|
host ::
RSS.